Linux文件系统的目录结构基本相同，但不同的发行版又有差别，具体问题具体分析。
Linux下主要目录
/ 根目录，一般根目录下只存放目录，不要存放文件，/etc、/bin、/dev、/lib、/sbin应该和根目录放置在一个分区中
/bin /usr/bin /usr/local/bin 可执行二进制文件的目录，如常用的命令ls、tar、mv、cat等。
/dev 存放linux系统下的设备文件，访问该目录下某个文件，相当于访问某个设备
/etc 系统配置文件存放的目录，不建议在此目录下存放可执行文件
/home 系统默认的用户家目录，新增用户账号时，用户的家目录都存放在此目录下，~表示当前用户的家目录，~test表示用户test的家目录。建议单独分区，并设置较大的磁盘空间，方便用户存放数据
/lib /usr/lib /usr/local/lib 系统使用的函数库的目录，程序在执行过程中，需要调用一些额外的参数时需要函数库的协助，比较重要的目录为/lib/modules，作用类似windows里的.dll文件。
/lost+found 这个目录平时是空的，系统非正常关机而留下“无家可归”的文件（windows下叫什么.chk）就在这里
/mnt /media 光盘默认挂载点，通常光盘挂载于/mnt/cdrom下，也不一定，可以选择任意位置进行挂载。
/opt 给主机额外安装软件所摆放的目录。
/proc 虚拟的目录，是系统内存的映射。此目录的数据都在内存中，如系统核心，外部设备，网络状态，由于数据都存放于内存中，所以不占用磁盘空间，比较重要的目录/proc/cpuinfo,/proc/interrupts,/proc/dma,/proc/ioports,/proc/net/*等
/root 系统管理员root的家目录，系统第一个启动的分区为/，所以最好将/root和/放置在一个分区下。
/sbin /usr/sbin /usr/local/sbin 放置系统管理员使用的可执行命令，如fdisk、shutdown、mount等。与/bin不同的是，这几个目录是给系统管理员root使用的命令，一般用户只能”查看”而不能设置和使用。
/tmp 公用的临时文件存储点
/var 某些大文件的溢出区，比方说各种服务的日志文件
/usr 最庞大的目录，要用到的应用程序和文件几乎都在这个目录。/usr/bin 存放应用程序， /usr/share 存放共享数据，/usr/lib 存放不能直接运行的，却是许多程序运行所必需的一些函数库文件。/usr/local:存放软件升级包。/usr/share/doc: 系统说明文件存放目录。/usr/share/man: 程序说明文件存放目录，使用 man ls时会查询/usr/share/man/man1/ls.1.gz的内容建议单独分区，设置较大的磁盘空间
重要目录详解：
/bin /sbin
/bin目录 /bin目录包含了引导启动所需的命令或普通用户可能用的命令(可能在引导启动后)。这些 命令都是二进制文件的可执行程序( b i n是b i n a r y – -二进制的简称)，多是系统中重要的系统文件。
/sbin目录 /sbin目录类似/bin ，也用于存储二进制文件。因为其中的大部分文件多是系统管理员使用的基本的系统程序，所以虽然普通用户必要且允许时可以使用，但一般不给普通用户使用。
/etc
包含很多文件.许多网络配置文件也在/etc 中.
/etc/rc or /etc/rc.d or /etc/rc*.d 启动、或改变运行级时运行的scripts或scripts的目录.
/etc/passwd 用户数据库，其中的域给出了用户名、真实姓名、家目录、加密的口令和用户的其他信息.
/etc/fstab 启动时mount -a命令(在/etc/rc 或等效的启动文件中)自动mount的文件系统列表. Linux下，也包括用swapon -a启用的swap区的信息.
/etc/group 类似/etc/passwd ，但说明的不是用户而是组.
/etc/inittab init 的配置文件.
/etc/issue getty 在登录提示符前的输出信息.通常包括系统的一段短说明或欢迎信息.内容由系统管理员确定.
/etc/motd Message Of The Day，成功登录后自动输出.内容由系统管理员确定.经常用于通告信息，如计划关机时间的警告.
/etc/mtab 当前安装的文件系统列表.由scripts初始化，并由mount 命令自动更新.需要一个当前安装的文件系统的列表时使用，例如df 命令.
/etc/shadow 在安装了影子口令软件的系统上的影子口令文件.影子口令文件将/etc/passwd 文件中的加密口令移动到/etc/shadow 中，而后者只对root可读.这使破译口令更困难.
/etc/login.defs login 命令的配置文件.
/etc/printcap 类似/etc/termcap ，但针对打印机.语法不同.
/etc/profile , /etc/csh.login , /etc/csh.cshrc 登录或启动时Bourne或C shells执行的文件.这允许系统管理员为所有用户建立全局缺省环境.
/etc/securetty 确认安全终端，即哪个终端允许root登录.一般只列出虚拟控制台，这样就不可能(至少很困难)通过modem或网络闯入系统并得到超级用户特权.
/etc/shells 列出可信任的shell.chsh 命令允许用户在本文件指定范围内改变登录shell.提供一台机器FTP服务的服务进程ftpd 检查用户shell是否列在 /etc/shells 文件中，如果不是将不允许该用户登录.
/etc/sysconfig 网络配置相关目录
/proc
/proc/cmdline 加载 kernel 时所下达的相关参数！查阅此文件，可了解系统是如何启动的！
/proc/cpuinfo 本机的 CPU 的相关资讯，包含时脉、类型与运算功能等
/proc/devices 这个文件记录了系统各个主要装置的主要装置代号，与 mknod 有关呢！
/proc/filesystems 目前系统已经加载的文件系统罗！
/proc/interrupts 目前系统上面的 IRQ 分配状态。
/proc/ioports 目前系统上面各个装置所配置的 I/O 位址。
/proc/kcore 这个就是内存的大小啦！好大对吧！但是不要读他啦！
/proc/loadavg 还记得 top 以及 uptime 吧？没错！上头的三个平均数值就是记录在此！
/proc/meminfo 使用 free 列出的内存资讯，嘿嘿！在这里也能够查阅到！
/proc/modules 目前我们的 Linux 已经加载的模块列表，也可以想成是驱动程序啦！
/proc/mounts 系统已经挂载的数据，就是用 mount 这个命令呼叫出来的数据啦！
/proc/swaps 到底系统挂加载的内存在哪里？呵呵！使用掉的 partition 就记录在此啦！
/proc/partitions 使用 fdisk -l 会出现目前所有的 partition 吧？在这个文件当中也有纪录喔！
/proc/pci 在 PCI 汇流排上面，每个装置的详细情况！可用 lspci 来查阅！
/proc/uptime 就是用 uptime 的时候，会出现的资讯啦！
/proc/version 核心的版本，就是用 uname -a 显示的内容啦！
/proc/bus/* 一些汇流排的装置，还有 U盘 的装置也记录在此喔！
/usr
/usr 文件系统经常很大，因为所有程序安装在这里. /usr 里的所有文件一般来自Linux distribution；本地安装的程序和其他东西在/usr/local 下.这样可能在升级新版系统或新distribution时无须重新安装全部程序.
/usr/etc 存放设置文件
/usr/games 存放游戏和教学文件
/usr/include 存放C开发工具的头文件
/usr/share 存放结构独立的数据
/usr/bin 几乎所有用户命令.有些命令在/bin 或/usr/local/bin 中.
/usr/sbin 根文件系统不必要的系统管理命令，例如多数服务程序.
/usr/share/man , /usr/share/info , /usr/share/doc 手册页、GNU信息文档和各种其他文档文件.
/usr/include C编程语言的头文件.为了一致性这实际上应该在/usr/lib 下，但传统上支持这个名字.
/usr/lib 程序或子系统的不变的数据文件，包括一些site-wide配置文件.名字lib来源于库(library); 编程的原始库存在/usr/lib 里.
/usr/local 本地安装的软件和其他文件放在这里.
/usr/src 存放程序的源代码
/var
/var 包括系统一般运行时要改变的数据.每个系统是特定的，即不通过网络与其他计算机共享.
/var/catman 当要求格式化时的man页的cache.man页的源文件一般存在/usr/man/man* 中；有些man页可能有预格式化的版本，存在/usr/man/cat* 中.而其他的man页在第一次看时需要格式化，格式化完的版本存在/var/man 中，这样其他人再看相同的页时就无须等待格式化了. (/var/catman 经常被清除，就象清除临时目录一样.)
/var/lib 系统正常运行时要改变的文件.
/var/local /usr/local 中安装的程序的可变数据(即系统管理员安装的程序).注意，如果必要，即使本地安装的程序也会使用其他/var 目录，例如/var/lock .
/var/lock 锁定文件.许多程序遵循在/var/lock 中产生一个锁定文件的约定，以支持他们正在使用某个特定的设备或文件.其他程序注意到这个锁定文件，将不试图使用这个设备或文件.
/var/log 各种程序的Log文件，特别是login (/var/log/wtmp log所有到系统的登录和注销) 和syslog（/var/log/messages 里存储所有核心和系统程序信息. /var/log 里的文件经常不确定地增长，应该定期清除.
/var/run 保存到下次引导前有效的关于系统的信息文件.例如， /var/run/utmp 包含当前登录的用户的信息.
/var/spool mail, news, 打印队列和其他队列工作的目录.每个不同的spool在/var/spool 下有自己的子目录，例如，用户的邮箱在/var/spool/mail 中.
/var/tmp 比/tmp 允许的大或需要存在较长时间的临时文件. (虽然系统管理员可能不允许/var/tmp 有很旧的文件.)
其他目录
/root目录 /root 目录是超级用户的目录。
/lib目录 / l i b目录是根文件系统上的程序所需的共享库，存放了根文件系统程序运行所需的共享文件。这些文件包含了可被许多程序共享的代码，以避免每个程序都包含有相同的子程序的副本，故可以使得可执行文件变得更小，节省空间。
/lib/modules 目录 /lib/modules 目录包含系统核心可加载各种模块，尤其是那些在恢复损坏的系统时重新引导系统所需的模块(例如网络和文件系统驱动)。
/dev目录 / d e v目录存放了设备文件，即设备驱动程序，用户通过这些文件访问外部设备。比如，用户可以通过访问/ d e v / m o u s e来访问鼠标的输入，就像访问其他文件一样。
/tmp目录 /tmp 目录存放程序在运行时产生的信息和数据。但在引导启动后，运行的程序最好使用/ v a r / t m p来代替/tmp ，因为前者可能拥有一个更大的磁盘空间。
/boot目录 / b o o t目录存放引导加载器(bootstrap loader)使用的文件，如l i l o，核心映像也经常放在这里，而不是放在根目录中。但是如果有许多核心映像，这个目录就可能变得很大，这时使用单独的文件系统会更好一些。还有一点要注意的是，要确保核心映像必须在i d e硬盘的前1 0 2 4柱面内。
/mnt目录 / m n t目录是系统管理员临时安装( m o u n t )文件系统的安装点。程序并不自动支持安装到/mnt 。/mnt 下面可以分为许多子目录，例如/mnt/dosa 可能是使用m s d o s文件系统的软驱，而/mnt/exta 可能是使用e x t 2文件系统的软驱，/mnt/cdrom 光驱等等。
/opt 这里主要存放那些可选的程序。你想尝试最新的firefox测试版吗？那就装到/opt目录下吧，这样，当你尝试完，想删掉firefox的时候，你就可以直接删除它，而不影响系统其他任何设置。安装到/opt目录下的程序，它所有的数据、库文件等等都是放在同个目录下面。
